瓷珠菌种保存管可保存一般细菌、苛刻菌，霉菌、酵母菌等真菌也可在低温条件下通过菌种保存管保存，因此菌种保存管被广泛应用于临床领域、疾控领域、菌种保存中心以及制药企业等领域。保存管采用瓷珠低温冷冻保存法。低温环境为优良菌株提供一个适合长期休眠的状态，即干燥、低温、缺乏氧气和养料等，使微生物处于低靡的代谢活动状态，但又不至于死亡，从而达到保藏的目的；小瓷珠经特殊处理，外部密布凹进的洞，菌株可牢固的吸附其上；保存液含有特殊低温保护剂，可减少冻存过程中冰晶对菌种的影响。
瓷珠菌种保存管菌种保存步骤：
1.使用前，用油性白板笔在每个菌种保存管上标记上菌株名称。每支菌种保存管只可接种一种菌。
2.在无菌条件下，打开菌种保存管的螺旋瓶盖。
3.用接种环挑取新鲜菌株纯培养物,放入冻存液中。拧紧瓶盖，来回颠倒使菌乳化，配成大约3-4麦氏比浊度的菌悬液（一般一个平板的纯培养物可保存两管），此时菌悬液会吸附在小瓷珠内外表面。
4.用无菌移液器将菌种保存管中的菌悬液尽量吸出(吸出的菌悬液应放入消毒液中并随后进行高压灭菌处理)。
5.拧紧瓶盖，记录下接种菌株的详细情况。
6.将接种完菌株的菌种保存管放在－20℃或－80℃冰箱中保存。
瓷珠菌种保存管菌种复苏步骤：
1.取出菌种保存管并用力摇晃,使管内瓷珠分散。无菌条件下拧开菌种保存管,用无菌的接种环(接种针)或镊子取出1粒小瓷珠，拧紧瓶盖。
2.尽可能快地将菌种保存管放回原来的保存环境,温度过多改变将减弱菌株的生存能力。
3.取出的小瓷珠可以直接放在平板培养基上作划线接种，或者直接置于适合的液体培养基中培养。
